Studia II stopnia o profilu ogólnoakademickim prowadzone są w formule stacjonarnej i niestacjonarnej, trwają 3 semestry (1,5 roku) i kończą się obroną pracy dyplomowej i egzaminem dyplomowym. Kończąc studia II-stopnia Absolwent uzyskuje tytuł magistra inżyniera.
Studia II stopnia realizowane są w dwóch specjalnościach do wyboru: Inżynieria sanitarna lub Energetyka odnawialna. Zajęcia prowadzone są w formie wykładów, projektów, laboratoriów, ćwiczeń i seminarium.
Szczegółowy plan studiów dostępny jest w systemie SylabUZ: Inżynieria sanitarna i Energetyka odnawialna .
Absolwent studiów magisterskich przygotowany jest do samodzielnego wykonywania zadań z zakresu projektowania systemów, technologii i urządzeń do transportu i oczyszczania wody i ścieków, unieszkodliwiania i zagospodarowania odpadów komunalnych i przemysłowych, rozwiązywania problemów gospodarki wodno-ściekowej w zakładach przemysłowych oraz planowania i eksploatacji regionalnych i lokalnych systemów ochrony środowiska. Absolwent, obok podstawowej umiejętności metodologii projektowania, wykonawstwa i eksploatacji urządzeń ochrony środowiska, dla różnorodnych potrzeb i w różnych skalach, posiada szeroką wiedzę z zakresu innych dziedzin nauki i techniki, które mają istotny wpływ na rozwój współczesnej inżynierii sanitarnej, stanu środowiska i warunków życia społeczeństwa.
Program dydaktyczny studiów obejmuje przedmioty, które powinny zapewnić absolwentowi ogólne wykształcenie uniwersyteckie, usystematyzowaną wiedzę z zakresu inżynierii i ochrony środowiska oraz szeroką wiedzę teoretyczną i praktyczną w wybranej specjalności. Celem studiów jest również wykształcenie umiejętności pracy zespołowej, komunikacji społecznej, rozwijanie przedsiębiorczości i odpowiedzialności.